为了解决侧摆的问题，玻璃推拉自动门的导轨采用了垂直双导轨的结构设计。这种结构不仅有效地缓解了动态侧摆的问题，同时也在一定程度上解决了门体安全性的问题。

更重要的是，这种结构极大地减少了滑轮的动态磨损。这一点将在滑轮部分详细论述。这种垂直双导轨根据门体受力情况对截面曲线进行加强设计，可以使门机单扇门重量达到200公斤。

最新的玻璃推拉自动门导轨采用水平双导轨设计。使门体重心处于水平双导轨的两个支撑点之间，形成正悬挂。导轨开口朝下，并配以双侧密封毛刷，形成密封式导轨。避免积尘对导轨及滑轮的磨损。

玻璃推拉自动门这种结构设计的关键在于如何解决导轨安装和传动及电气组件的固定问题。水平双导轨的结构在使用效果上的最大优点是静音，因为它彻底解决了侧摆的问题从而达到了运行中最大的动态稳定性。

玻璃推拉自动门的质量问题尤其重要，使用不当或是电气组件质量问题可能会造成意外的发生。